溫度升高的趨勢是保留時間提前，一般柱溫增加1℃，保留值通常減小1~2%。保留值改變也可引起分離度變化，理論上說，溫度提高有利于提高柱效，增加分離度，但由于不同物質對溫度的敏感程度不同，這也不是絕對的。用溫度優化液相色譜分析方法的優點是使用方便，不需要更換色譜柱和流動相，是改變峰間距和改善分離的有效參數。

同時升高柱溫，會改變流動相的粘度(一般表現為柱壓降低)和分析物的溶解性，進而影響某些物質的保留特性和選擇性；而溫度的不平衡會導致峰扭曲變形。因此柱溫在液相色譜分離過程中扮演了一個重要的角色，如果想得到穩定可靠的分離結果，色譜柱的溫度變化是不可忽視的。對于液相色譜來說，柱溫升高可加快分離過程，但因樣品保留時間不穩將增加檢測工作的麻煩，分辨率也可能下降；相反，當柱溫低時，分辨率提高，但分離過程時間會加長，因為在溫度低的情況下，流動相黏度增加會延長檢測時間，增加泵的磨損，同時，溶解度相對下降會出現緩沖鹽結晶而堵塞泵、進樣閥、管道、色譜柱的現象，雜質吸附在填料上而難于洗脫，從而影響色譜柱的使用壽命。